Термин "онтология" неоднозначен. Существуют различные виды онтологии. Структурная онтология толерантна к другим видам онтологии. Этот принцип толерантности позволяет выйти из дискуссии постструктурализма со структурализмом.

Фундаментальная работа А.И.Уемова, в законченном виде определившая его вариант структурной онтологии, получивший название эмпирического реализма. На основе идей, содержащихся в этой работе, А.И.Уемовым была построена теория выводов по аналогии, параметрическая общая теория систем и язык тернарного описания.